Il porto di Capodistria si estende su una superficie complessiva di circa 280 ettari. E' dotato di 12 terminal. Quello container gestisce contenitori ordinari, speciali, frigo e LCL;  il terminal Ro-Ro e automobili dispone di un garage di cinque piani con 6.000 parcheggi; il terminal general cargo che gestisce e immagazzina merci diverse (caffè, zucchero, riso, carta, magnesite, alluminio, profili, lastre di acciaio e bobine, tubi, barre, elettrodomestici, project cargo, ecc) di vario peso, dimensioni, proprietà e forma. Il terminale inoltre dispone di attrezzature moderne, magazzini idonei alla movimentazione e stoccaggio delle merci. Inoltre vi sono il terminal per la movimentazione e stoccaggio della frutta; del legname; dei minerali; dei cereali e foraggio; dell'alluminio; energetico; delle rinfuse liquide; del bestiame e infine dei passeggeri.  Il pescaggio massimo consentito delle navi al porto è per l'accesso al terminal container, che dopo la conclusione dei lavori di dragaggio dei fondali, è passato da 11,4 a  14,5 metri.  

Sono in attuazione interventi di ampliamento ed efficientamento delle banchine del terminal container. L’autorità portuale ha esteso il Molo Primo per 100 metri (termine dei lavori 2018) e ordinato due gru STS (shore-to-ship) post-Panamax con uno sbraccio di 24 pile, che saranno operative nell’estate del 2017. Questo permetterà operazioni anche su grandi navi con capacità di 20.000 TEU. Oltre ad interventi sulle banchine, l’autorità portuale sta potenziando il terminal ferroviario. Dopo l'estensione degli attuali tre binari dei terminali e la costruzione di altri due sono state ordinate due gru portali su rotaie (RMG) per operazioni di carico/scarico sui treni.

Secondo il Piano Strategico quinquennale presentato da Luka Koper nell’agosto 2015, il Porto di Capodistria punta a raggiungere la movimentazione di 24,3 milioni di tonnellate di merci entro il 2020 e sviluppare ulteriormente il traffico di container (da 730.000 a 1.000.000 TEU) e di veicoli (da 525.000 a 850.000 unità) come attività principale. Sul piano dei servizi, Luka Koper punta a fornire servizi aggiuntivi per il trasporto di container e veicoli, nuove aree di stoccaggio delle merci e nuove infrastrutture per la connessione tra porto e l’entroterra.

ll governo sloveno ha deciso di appoggiare finanziariamente il porto di Capodistria nel progetto di rafforzamento del collegamento ferroviario verso l’Europa settentrionale, raddoppiando la linea ferroviaria esistente fra lo scalo e il terminal interno di Divača (Divaccia).  Il costo dell’operazione è di 1,4 miliardi di euro, molto elevato per le attuali condizioni economiche della Slovenia. L’Unione europea aveva avanzato un'altra ipotesi, meno onerosa, che collegava Capodistria al Corridoio europeo Adriatico-Baltico sfruttando le infrastrutture ferroviarie esistenti che passano per Trieste. Inoltre l’alleanza Alto Adriatica (NAPA Ports), avviata dal 2010, che dovrebbe facilitare una sinergia e cooperazione tra i porti dell’Alto Adriatico (Venezia, Trieste, Capodistria e Fiume) non riesce a coordinare la rete dei porti e pianificare di conseguenza una rete logistica e infrastrutturale unitaria. Ogni porto sta seguendo uno specifico piano di sviluppo (del porto e retroporto), indipendente l’uno dall’altro in una logica di competizione rispetto alla collaborazione.